Podstawowy wzór mandali – koło z zaznaczonym centralnym punktem możemy odnaleźć również w naturze, szczególnie w dziedzinie biologii, geologii, chemii i astronomii.

Na naszej planecie wszystkie istoty żyjące zbudowane są z komórek, które z kolei posiadają jądra – a więc są mandalami. Kryształki lodu, skały, góry i wiele innych złożone są z atomów – każdy atom to mandala. Kwiaty, pajęcze sieci, słoje drzew – we wszystkim tym możemy dopatrzyć się charakterystycznej formy mandali.

„Wszystko co czyni moc świata dokonuje się w okręgu. Niebo jest okrągłe, […] ziemia jest okrągła jak piłka i podobnie wszystkie gwiazdy. Wiatr w swych największych porywach wiruje. Ptaki wiją okrągłe gniazda. […] Słońce wynurza się i zapada na okrągło, tak samo księżyc. Nawet pory roku zataczają w swych zmianach wielkie koło i zawsze wracają tam gdzie już kiedyś były. Życie człowieka jest kołem od dzieciństwa do dzieciństwa.”

Mandala w przyrodzie